Les serpents – le krait chinois et le cobra chinois – pourraient être la source originale du coronavirus nouvellement découvert qui a déclenché cet hiver une flambée d’une maladie respiratoire infectieuse mortelle en Chine.

La maladie a été signalée pour la première fois fin décembre 2019 à Wuhan, une grande ville du centre de la Chine, et s’est rapidement propagée. Depuis lors, des voyageurs malades de Wuhan ont infecté des personnes en Chine et dans d’autres pays, y compris aux États-Unis.

À l’aide d’échantillons du virus isolés de patients, des scientifiques chinois ont déterminé le code génétique du virus et utilisé des microscopes pour le photographier. Le pathogène responsable de cette pandémie est un nouveau coronavirus. Il appartient à la même famille de virus que le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère bien connu (SRAS-CoV) et le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV), qui ont tué des centaines de personnes au cours des 17 dernières années. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a nommé le nouveau coronavirus 2019-nCoV.

De nombreuses questions doivent être résolues pour freiner la propagation de cette menace pour la santé publique.

Qu’est-ce qu’un coronavirus?

Le nom du coronavirus vient de sa forme, qui ressemble à une couronne ou à une couronne solaire lorsqu’elle est imagée à l’aide d’un microscope électronique.

Le coronavirus se transmet par voie aérienne et infecte principalement les voies respiratoires et gastro-intestinales supérieures des mammifères et des oiseaux. Bien que la plupart des membres de la famille des coronavirus ne provoquent que de légers symptômes pseudo-grippaux pendant l’infection, le SRAS-CoV et le MERS-CoV peuvent infecter les voies respiratoires supérieures et inférieures et provoquer des maladies respiratoires graves et d’autres complications chez les humains.

Ce nouveau 2019-nCoV provoque des symptômes similaires à ceux du SRAS-CoV et du MERS-CoV. Les personnes infectées par ces coronavirus souffrent d’une grave réaction inflammatoire.

Malheureusement, aucun vaccin ou traitement antiviral approuvé n’est disponible pour l’infection par le coronavirus. Une meilleure compréhension du cycle de vie de 2019-nCoV, y compris la source du virus, comment il est transmis et comment il se réplique sont nécessaires pour prévenir et traiter la maladie.

Transmission zoonotique

Le SRAS et le MERS sont classés comme des maladies virales zoonotiques, ce qui signifie que les premiers patients infectés ont acquis ces virus directement des animaux. Cela était possible car, alors que chez l’animal hôte, le virus avait acquis une série de mutations génétiques qui lui ont permis d’infecter et de se multiplier à l’intérieur des humains.

Désormais, ces virus peuvent être transmis de personne à personne. Des études sur le terrain ont révélé que la source originale de SARS-CoV et MERS-CoV est la chauve-souris et que les civettes de palmier masquées (un mammifère originaire d’Asie et d’Afrique) et les chameaux, respectivement, servaient d’hôtes intermédiaires entre les chauves-souris et les humains.

Dans le cas de cette épidémie de coronavirus en 2019, les rapports indiquent que la plupart du premier groupe de patients hospitalisés étaient des travailleurs ou des clients d’un marché de gros de fruits de mer local qui vendait également des viandes transformées et des animaux consommables vivants, notamment de la volaille, des ânes, des moutons, des porcs, des chameaux, des renards, des blaireaux, des rats en bambou, des hérissons et des reptiles. Cependant, comme personne n’a jamais signalé avoir trouvé de coronavirus infectant des animaux aquatiques, il est plausible que le coronavirus puisse provenir d’autres animaux vendus sur ce marché.

L’hypothèse selon laquelle le nCoV 2019 a sauté d’un animal sur le marché est fortement soutenue par une nouvelle publication dans le Journal of Medical Virology. Les scientifiques ont effectué une analyse et comparé les séquences génétiques du 2019-nCoV et de tous les autres coronavirus connus.

L’étude du code génétique de 2019-nCoV révèle que le nouveau virus est le plus étroitement lié à deux échantillons de coronavirus de type SRAS de chauve-souris en provenance de Chine, suggérant initialement que, comme le SRAS et le MERS, la chauve-souris pourrait également être à l’origine de 2019-nCoV. Les auteurs ont en outre constaté que la séquence codante de l’ARN viral de la protéine de pointe 2019-nCoV, qui forme la «couronne» de la particule virale qui reconnaît le récepteur sur une cellule hôte, indique que le virus de la chauve-souris aurait pu muter avant d’infecter des personnes.

Mais lorsque les chercheurs ont effectué une analyse bioinformatique plus détaillée de la séquence de 2019-nCoV, cela suggère que ce coronavirus pourrait provenir de serpents.

Des chauves-souris aux serpents

Les chercheurs ont utilisé une analyse des codes protéiques favorisés par le nouveau coronavirus et l’ont comparée aux codes protéiques des coronavirus trouvés dans différents hôtes animaux, comme les oiseaux, les serpents, les marmottes, les hérissons, les pangolins, les chauves-souris et les humains. Étonnamment, ils ont constaté que les codes de protéines dans le 2019-nCoV sont les plus similaires à ceux utilisés chez les serpents.

Les serpents chassent souvent les chauves-souris à l’état sauvage. Les rapports indiquent que les serpents ont été vendus sur le marché local des fruits de mer à Wuhan, ce qui soulève la possibilité que le 2019-nCoV soit passé des espèces hôtes – les chauves-souris – aux serpents, puis aux humains au début de cette épidémie de coronavirus. Cependant, la façon dont le virus pourrait s’adapter à la fois aux hôtes à sang froid et à sang chaud reste un mystère.

Les auteurs du rapport et d’autres chercheurs doivent vérifier l’origine du virus par des expériences de laboratoire. La recherche de la séquence 2019-nCoV chez les serpents serait la première chose à faire. Cependant, depuis l’épidémie, le marché des fruits de mer a été désinfecté et fermé, ce qui rend difficile la traçabilité de l’animal source du nouveau virus.

L’échantillonnage de l’ARN viral des animaux vendus sur le marché et des serpents et chauves-souris sauvages est nécessaire pour confirmer l’origine du virus. Néanmoins, les résultats rapportés fourniront également des informations sur l’élaboration de protocoles de prévention et de traitement.

L’épidémie de 2019-nCoV est un autre rappel que les gens devraient limiter la consommation d’animaux sauvages pour prévenir les infections zoonotiques.